最初にまとめ
Win10だとタスクマネージャーにスタートアップの項目があり、自動起動の有効・無効の変更ができるが2016にはこの項目が無い。SysinternalsのAutorunsを使うのがおすすめ
https://docs.microsoft.com/en-us/sysinternals/downloads/autoruns
Win10とWinSV2016のタスクマネージャー
Win10のタスクマネージャーの場合は
スタートアップタブの下にリスト表示されるアプリを右クリック→無効化で自動起動を止めることができるのですが……
WinSV2016のタスクマネージャーの場合は
アプリの履歴・スタートアップの項目がないので、タスクマネージャーからは自動起動の無効化ができません。
AutorunsをWinSV2016で使ってみる
というわけでAutorunsの出番です。レジストリを直接弄ったり、サードパーティのツールを使うよりはMS製のツールということで安心感はあるかなあと思います。
下記はテストサーバー上でAutorunsを起動したところです。チェックを入れると自動起動が有効、チェックを外すと自動起動が無効になります。
Sysinternals
Autoruns以外にもSysinternalsには便利なツールがたくさんあるので、眺めているだけでも結構面白いと思います。
https://docs.microsoft.com/en-us/sysinternals/
日本語訳された解説書もあります。これがなかなかのボリュームです(笑)困ったときに辞書感覚で必要なツールを探すのに役立ててます。訳もしっかりしているので、日本語の資料が欲しい人は持っていて損はないと思います(結構いいお値段ですが)
Windows Sysinternals徹底解説 改訂新版 (マイクロソフト公式解説書)